Der Film beginnt in den Tiefen des Ozeans wo ein blaues Pokémon-Ei in einer Art Wasserblase zu sehen ist, während es durch die Tiefen des Meeres treibt. Plötzlich taucht ein gewaltiges U-Boot auf, welches das Ei über einen Greifarm krallt. Sehr zur Freude des hiesigen Kapitäns, Phantom der Pirat, welcher das Ei begierig anblickt. Seinen Worten zufolge würde dieses Pokémon-Ei ihm seinen sehnlichsten Wunsch erfüllen. Doch kurz bevor der Kapitän das Ei in die Hände schließen will, geht ein angebliches Mitglied der Crew dazwischen und schnappt es sich mit den Worten, er lasse es nicht zu, das Phantom sich damit seine egoistischen Wünsche erfülle. Schnell wird klar, dass es sich nicht um ein Mitglied der Piratenbande, sondern um den Pokemon-Ranger Jack Walker handelt, der sich getarnt in die Crew eingeschleust hatte um eine Mission zu erfüllen. Dieser kann, indem er mit seinem Fangcom ein Mantax fängt und auf diesem davonreitet, fliehen. Zuvor jedoch setzt das Mantax mit einem mächtigen Konfusstrahl die Pokémon Phantoms, Pinsir und Parasek, außer Gefecht.
Die nächste Sequenz zeigt Ash, Rocko, Maike und Max, die sich verlaufen haben und in einer wüstenähnlichen Gegend nach dem rechten Weg suchen. Da das Klima sehr trocken ist, wünschen sich alle sehnlichst Wasser herbei, bis sie plötzlich riesige Wasserblasen erblicken. Beim Herantreten stellt sich schnell heraus, dass die großen Blasen mit Hilfe von Wasser- und Psychoattacken entstehen und zur Marina Unterwasser Pokémonshow gehören, die von Lizabeth und ihrer Familie veranstaltet wird. Da Ash und seine Freunde sich darunter jedoch nichts vorstellen können, werden sie zur nächsten Show eingeladen und begleiten die Familie in die nächste Stadt.
Lizabeth der Marina Unterwasser Gruppe
Nach der Show schnappt sich das Bamelin der Familie das Gefäß mit dem Ei aus der Einleitung des Films und will damit in der Gegend herumlaufen. Hier entdecken auch Maike und Team Rocket zum ersten Mal das mysteriöse Ei, bevor es wieder von Lizabeth versteckt wird. Währenddessen erinnert sich James daran, das Ei schon einmal irgendwo gesehen zu haben und sucht in seiner Team Rocket Zeitschrift nach einem entsprechenden Eintrag und wird unter "Phantom, der Pirat" fündig. Das ist der Pirat aus der Einleitung, der in seiner Anzeige nach dem Ei sucht und auch eine Belohnung verspricht, was Team Rocket natürlich dazu veranlasst, ihn anzurufen. Doch James muss den Anruf unterbrechen, da Jessie bemerkt, dass der Wohnwagen von Lizabeths Familie und damit natürlich auch das wertvolle Ei wieder auf dem Weg in die nächste Stadt sind.
In der darauffolgenden Nacht schnappt sich das Bamelin der Familie erneut das Ei um es zu bestaunen, während Maike einen merkwürdigen Traum hat: in ihrem Traum spielt sie Unterwasser mit vielen Pokémon und trifft hier auf das legendäre Pokémon Manaphy. Doch bevor sie es fangen kann, wacht sie auf. Als ihr Traum beim Frühstück zum Gspräch wird, stellt sich heraus das auch Lizabeth schon einmal den selbigen hatte. Sie und ihre Familie gehören zu den sogenannten "Menschen des Meeres" (engl. "People of the sea"), welche seit langem in Harmonie und Einklang mit den Wasser-Pokémon leben und ihnen zu Ehren sogar einen Unterwassertempel gebaut haben, jenen den Maike in ihrem Traum auch gesehen hatte.
Zur selben Zeit versucht Team Rocket das Ei zu stehlen, doch plötzlich leuchtet das Ei auf und die Stimmen der drei werden vertauscht: so spricht Mauzi auf einmal wie Jessi, James wie Mauzi und Jessi wie James. Während die Familie und Ash, Rocko, Maike und Max schon die Verfolgung aufgenommen haben, versucht Team Rocket mit einem kleinen Tret-Zeppelin zu fliehen. Just in diesem Moment stellt sich heraus, das der Clown der Familie ein Pokémon Ranger ist, der mithilfe seines Fangcoms ein Ibitak fäng, welches mit Pikachu zusammen das geheimnisvolle Ei zurückerobert.
Jackie, der Pokémon Ranger Jack Walker aus der Einleitung, offenbart sich nun Ash und seinen Freunden und erzählt ihnen von seiner Mission, das Manaphy Ei in Sicherheit schlüpfen zu lassen und es dann zum Meerestempel Samaya zurückzubringen.
In dem Moment, indem Maike bewusst wird, dass sie sowol Manaphy als auch den Meerestempel in ihrem Traum gesehen hat, sind Hubschrauber und einige Bibor auf dem Weg, um im Auftrag Phantoms das Manaphy-Ei zu stehlen. Eine Verfolgungsjagd beginnt, in der Jackie das Ei zunächst Ash und dieser es letztendlich Maike übergibt, um es von Phantom fernzuhalten. Doch letztendlich fällt das Ei bei einer Panne aus seinem schützenden Behälter und gerade noch so in die Arme von Maike wo das Manaphy schlüpft.
Es gelingt der Marinagruppe und Ash und seinen Freunden nun gerade noch in den Wagen zu gelangen und hiermit zu fliehen. Dort hat sich das Manaphy nun in Maikes Armen beruhigt und ist dabei einzuschlafen, als sie es Lizabeths Mutter geben will. Doch in dem Moment fängt es wieder an zu schreien und es wird klar, dass Manaphy Maike als seine Mutter ansieht. Plötzlich wird die kurz erlangte Ruhe auch schon wieder von den Hubschraubern Phantoms unterbrochen, die dem Wagen gefolgt waren, doch nachdem der hintere Wagen der Marinagruppe abgetrennt wird, gelingt es ihnen in einen Wald zu fliehen.
Dort betreten sie eine Ruine die einst die Menschen des Meeres gebaut hatten und gelangen durch die Hilfe eines speziellen Amuletts tiefer in die Ruine. Doch Phantom gelingt es weiterhin ihnen zu folgen, da er auch so ein Amulett besitzt. Nach einiger Zeit gelangen sie in einen antik erscheinden Raum in dem an der Wand, wie Maike bemerkt, der Meerestempel abgebildet ist. Lizabeth erklärt den vieren, dass der Tempel einen wertvollen Schatz beherberge, die Meereskrone (engl. "Sea Crown"). Diese wurde von den Menschen des Meeres im Meerestempel versteckt und sei mit vielen Fallen beschützt. Zudem sei der Tempel für normale Menschen nicht sichtbar und wechsele ständig seinen Standort. Der einzige Weg ihn zu finden sei Manaphy, denn der Tempel sei an der der Stelle erichtet worden, an der die Manaphy leben und somit besitzte Manaphy die Fähigkeit den Tempel aufzuspüren. Über einige Wasserkanäle erreichen sie nun eine Stadt, während sie weiterhin von Phantom verfolgt werden, dem sich nun auch Team Rocket angeschlossen hat.
Hier trennen sich nun die Wege von Ash, Rocko, Maike und Max und dem der Marinagruppe und Jackie, die mit dem Schiff von Ship, dem Opa von Lizabeth, der sogenannten "Blauen Lagune" (engl. "Blue Lagoon") den weiteren Weg zum Meerestempel bestreiten. Der Abschied fällt den vieren und vorallem Maike sehr schwer, doch Jackie betont, dies sei ab diesem Zeitpunkt ein Job der Pokémon Ranger und der Marina Unterwasser Gruppe.
Die Trennung ist jedoch nur von kurzer Dauer, denn in dem Moment in dem Manaphy aufwacht und bemerkt, dass seine "Mutter" Maike nicht mehr da ist, fängt es an zu weinen und vetauscht, ähnlich wie bei Team Rocket, die Stimmen von Ash und Jackie. Nun bleibt dem Ranger nichts anderes mehr übrig als die vier Freunde doch mitzunehmen. Zurück auf dem Schiff, erklärt er den vieren Manaphys spezielle Fähigkeit, den "Herzwechsel" ("Heart Swap"), die bewirkt, dass die Lebewesen ihre Körper tauschen. Mit dieser Fähigkeit schütze sich Manaphy, oder auch "Prinz des Meeres" (engl. "Prince of the sea") genannt, wie Jackie hinzufügt, vor Gefahren.
In den darauffolgenden Tagen geht die Fahrt recht ruhig vor sich. Die Marinagruppe freut sich vorallem darauf den Meerestempel endlich auch einmal zu sehen und dort den Segen des Meeres, wie auch ihre Vorfahren, zu erhalten. Jackie und die vier Freunde hingegen genießen schlichtweg die Fahrt auf dem Meer. Manaphy hat im übrigen ein Wort von Maike gelernt: "Happy" (zu deutsch: "Glücklich")
Während die emotionale Bindung zwischen Manaphy und Maike immer stärker wird, erzählt Jackie Ash den Grund, warum er überhaupt Ranger wurde: Es war in seiner Kindheit, ungefähr in Ashs Alter, als er sich in den Bergen verirrte und plötzlich ein gewaltiger Schneesturm aufkam. Jackie, der für solche Wetterverhältnisse nicht ausgerüstet war, konnte sich gerade ncoh so in eine Höhle retten, doch auch dort war die Temperatur viel zu niedrig um die Zeit des Schneesturms überleben zu können. Er wäre wohl erfrohren, wenn die Pokémon der Höhle sich nicht um ihn herum gelegt und ihn somit gewärmt hätten. Seitdem war es Jackies größter Wunsch Pokémon Ranger zu werden.
Kurz vor der Mondfinsternis erlernt Manaphy weitere Wörter: "I love you" (zu deutsch: "Ich liebe dich" - im englischen ist dies geläufig für eine starke Bindung zwischen Elternteil und Kind, im deutschen würde man eher "Ich hab dich lieb" sagen). Doch Jackie muss Maike um einen großen Gefallen bitten: Damit Manaphy als "Prinz des Meere" seine Aufgabe erfüllen kann, werde sich seine und Maikes Wege beim Meerestempel trennen müssen. Maike sagt, dies würde ihr nichts ausmachen, doch wie man es in der darauffolgenden Zeit bemerkt, fällt es ihr unglaublich schwer, weniger mit Manaphy zusammen zu sein.
Am Tag des Vollmondes passiert Maike ein kleines Missgeschick, bei dem sie ihr Bandana verliert, welches auf das Wasser geweht und von einem Pokémon Unterwasser mitgenommen wird. Manaphy jedoch bemerkt dies und schwimmt dem Kopftuch hinterher, wobei es sich immer weiter vom Schiff entfernt. Die Freunde machen sich natürlich Sorgen und suchen schließlich mit einem kleinen U-Boot nach Manaphy, welches sie tief unter Wasser wiederfinden. Doch für große Freude ist keine Zeit, da das U-Boot plötzlich von einer sehr starken Strömung erfasst wird und droht vom Kurs abzukommen. Dank Manaphy und Lizabeth gelingt es ihnen schließlich der Strömung zu entfliehen. Was sich nun ihren Augen eröffnet, überrascht sie alle: der Meerestempel Samaya steht direkt vor ihnen. Doch auch Phantom gelingt es nun den Tempel zu erreichen.
Am Meeestempel angelangt, sind Maike und Manaphy glücklich, wieder vereint zu sein. Die Freunde erkunden nun in aller Ruhe den Tempel und gelangen schnell in einen Raum mit einer Schrifttafel, die den Weg zur Meereskrone erklärt. In diesem Moment taucht Phantom auf und übersetzt den Text der Schrifttafel um anschließend den Weg mit seinem Amulett zu öffnen. Sie alle gelangen nun in einem großen Raum wo die Meereskrone, eine riesige Krone voller Blauer Kristalle, zu finden ist. Phantom reißt in seiner Gier sofort einen der Kristalle heraus, woraufhin die Harmonie des Tempels zerstört wird und Wasser hineinläuft, sodass der Tempel im Meer zu versinken droht. Auch die Tarnung des Tempels wurde nun deaktiviert, woraufhin Jackie ihn nun auch betreten kann.
Phantom versucht nun alle Kristalle zu entwenden, während Ash und seine Freunde auf dem Weg sind zu fliehen, wobei sie Jackie begegnen, der auf dem Weg ist Phantom aufzuhalten. Kaum hat er die Meereskrone erreicht, steckt er die herumliegenden Kristalle zurück an ihren rechtmäßigen Platz, doch Phantom gelingt es Jackie bei den letzten Kristallen aufzuhalten und ihn festzuhalten. Jedoch werden in diesem Moment beide von einem Wasserschwall erwischt und nach unten geschleudert, wobei Phantom einen Kristall verliert.
Der Meerestempel
Während Lizabeth, Max und Rocko schon im U-Boot sind, warten Ash und Maike noch auf Jackie. Doch plötzlich läuft Manaphy davon um den Meerestempel zu retten und die beiden folgen ihm, während der Rest, von der Strömung gezwungen, zum Schiff zurückkehrt. Manaphy versucht unterdessen, mit tatkräftiger Unterstützung von Ash und Maike, die Meereskrone zu reparieren. Doch einer der Kristalle fehlt: der, den Phantom aufgrund der Strömung verloren hatte. Während das Wasser immer weiter steigt, suchen die beiden Freunde verzeifelt nach dem letzten Kristall, den Pikachu letztendlich findet. Da das Wasser jedoch nun bedrohlich hoch steigt, beschließt Ash den restlichen Weg alleine zu bestreiten und Maike, Manaphy und Pikachu in einer Tauchkapsel zurückzulassen. In einer sehr müseligen Tauchaktion gelingt es Ash letztendlich den letzten Kristall an seinen Platz zurückzubringen.
Nachdem sich nun alle Kristalle wieder in der Meereskrone befinden, ist die Harmonie wiederhergestellt und eine große Masse an Pokémon schwimmt in Richtung des Tempels, unter ihnen sogar das legendäre Pokémon Kyogre. Doch Phantom hat immer noch nicht aufgegeben und schnappt sich im Tempel Manaphy, mit welchem er nun versucht zu entkommen. Ash jedoch scheint die Meereskrone aktiviert zu haben und ist nun mit einem gelben Licht umgeben, durch das er Phantom problemlos folgen kann. Mit vereinten Kräften und Kyogres Hilfe gelingt es schließlich Manaphy aus den Händen Phantoms zu befreien. Doch Phantom gibt immer noch nicht auf und erzeugt mit dem U-Boot eine Konfusstrahl-Attacke, die die Pokémon verwirrt. Als Manaphy jedoch sein Lied singt, werden die Pokémon von ihrer Verwirrung geheilt und das U-Boot kann zerstört werden.
Nachdem Phantom besiegt ist, ist nun auch die Mission des Rangers erfüllt. Der Meerestempel konnte beschützt werden und Manaphy hat seine Rolle als "Prinz des Meeres" angenommen.
Am Abend versinkt der Meerestempel wieder im Meer und die Zeit des Abschieds ist gekommen, wo sich die Wege der Freunde und Manaphy trennen.
Und auch mein Abschied kommt nun, denn die Filmbeschreibung endet hier.