Manche Pokémon kann man nur fangen, indem man das Item Honig an Honigbäumen anwendet. Diese Honigbäume sind sehr leicht zu erkennen: Ihre Krone ist honigfarben.
Honig selber kannst du in den Auen von Flori für 100$ kaufen oder im Spiel finden, eine andere Möglichkeit ist auch, dass der Honig von einem wilden Wadribie getragen wird. Nachdem du den Honig an die Baumrinde geschmiert hast, musst du zwischen sieben und zwölf Stunden warten. Das Vorstellen der Uhr bringt hier nichts.
Nachdem du wiedergekommen bist, sollte der Baum wackeln. Umso stärker er wackelt, desto seltener ist das erscheinende Pokémon. Wenn du vor dem Baum speicherst, kannst du zwar das Geschlecht, Wesen und die DVs des Pokémons anpassen, aber das erscheinende Pokémon wird immer das gleiche sein.
Hier eine Tabelle, wie häufig die Pokémon sind, welche erscheinen können:
| Sehr Oft | Häufig | Selten |
| Waumpel | Wadribie | Mampfaxo |
| Schaloko (Nur Diamant) | Burmy | |
| Panekon (Nur Perle) | Kikugi | |
| Wadiribie | Skaraborn | |
| Burmy | Waumpel | |
| Kikugi | ||
| Griffel |
Falls du mit etwas Glück das Pokémon Wadribie erwischt hast, kannst du seine Fähigkeit Honigmaul ausnutzen - dank dieser, sammelt es nach einem Kampf ab und zu Honig ein; genau wie bei der Fähigkeit Mitnahme ist es aber vom Level abhängig, ob und wie viel Honig es einsammelt.
Fundorte von Bäumen
Die folgende Tabelle schlüsselt auf, wo du Honigbäume finden kannst. Bitte beachte, dass du unter Umständen ein Pokemon mit einer VM mitführen musst.| Standort | Anzahl |
| Route 205 | 2 |
| Route 206 | 1 |
| Route 207 | 1 |
| Route 208 | 1 |
| Route 209 | 1 |
| Route 210 | 2 |
| Route 211 | 1 |
| Route 212 | 2 |
| Route 213 | 1 |
| Route 214 | 1 |
| Route 215 | 1 |
| Route 218 | 1 |
| Route 221 | 1 |
| Route 222 | 1 |
| Auen von Flori | 1 |
| Feuriohütte* | 1 |
| Windkraftwerk | 1 |
| Ewigwald** | 1 |