Während des eigentlichen Spielverlaufs, also vor dem Ending, ist es nicht möglich, sich zu entwicklen. Das geht erst, nachdem du bei Rayquaza warst und den fallenden Stern zerstört hast.
Wenn du weit genug bist, gehe zu Welsar. Dort, wo Welsar früher saß, befindet sich jetzt der Eingang zu einer Höhle. In diese kannst du aber nur hinein gehen, wenn du nur ein einziges Pokémon im Team hast.
Wenn alle Voraussetzungen erfüllt sind, befindet sich in der Höhle ein Kristall. Ist dieser einmal dort, dann entwickelt sich das Pokémon auch - falls sein Level dazu ausreicht. Die Mindestlevel für Entwicklungen entsprechen denen aus den Editionen und sind in unserem Pokédex nachzulesen.
Spezielle Entwicklungen
Nicht jedes Pokémon entwickelt sich, wenn es einen bestimmten Level erreicht. So wie auch in den Editionen, benötigen manche Pokémon Items für ihre Evolution. Diese Items entsprechen jenen aus den Editionen.
Für verschiedene spezielle Methoden der Entwicklung gibt es Entsprechungen. Hier eine Liste:
| Editionen | Pokémon Mystery Dungeon |
| Zuneigung | Intelligenz |
| Linkkabeltausch | Item Linkkabel |
| Entwicklung bei Tag | Item Sonnenband |
| Entwicklung bei Nacht | Item Mondband |
| Schönheit 170 | Item Schal |
| Freier Platz im Team & Pokéball | Freier Platz im Partnerareal Zwielichtwald |
Die verschiedenen Items findest du in verschiedenen Dungeons. Das Item Linkkabel gibt es in der Solarhöhle, an den Orten, wo vorher die VMs waren.