In Pokémon Mystery Dungeon sind alle 386 Pokemon der 3. Generation einprogrammiert. Jedes Pokémon kann sich zumindest in seiner Basis-Form deinem Team anschließen. Höhere Evolutionsformen einer Pokémon-Art bekommst du durch Evolution der Basis-Form.
Allerdings gibt es in Rot bzw. Blau jeweils 5 exklusive Pokémon, welche du anfangs in der jeweils anderen Edition nicht bekommen kannst!
Exklusive Pokémon in PMD Team Blau:
- Mantax
- Porygon
- Roselia
- Barschwa
- Plusle
Exklusive Pokémon in PMD Team Rot:
- Lapras
- Porygon2
- Griffel
- Karpador
- Minun
Diese Pokemon müssen erst durch Wunderbrief-Missionen freigeschalten werden. Hast du die Mission erfolgreich ausgeführt, taucht das Pokemon im entsprechenden Dungeon auf und du kannst es rekrutieren. Siehe dazu in die Wunderbriefdatenbank
Weiters sind noch vier Pokémon der D/P-Generation einprogrammiert. Einen offiziellen Weg, um diese zu erhalten, gibt es bisher nicht. Mit Hilfe eines Schummelmoduls kannst du sie bereits bekommen.