In Pokémon Mystery Dungeon werden die Dungeons beim Fortschreiten im Spiel immer schwerer. Sie werden länger und die Pokémon, die sich in den Dungeons befinden, werden stärker. Nachdem du die Hauptstory beendet hast, wird es allerdings einen weiteren Faktor geben, der die Dungeons schwerer macht: Fallen.
In den Dungeons, die du unmittelbar nach der Hauptstory betreten kannst (z.B. Solarhöhle), wirst du noch auf recht wenige Fallen treffen. Auf dem Dreifeld hingegen wird es bereits nur so vor Fallen wimmeln.
Welche Fallen es gibt, und was sie bewirken, kannst du der folgenden Tabelle entnehmen:
| Fallenname | Bild | Beschreibung | Einstufung |
| Kastanien-Falle |  |
Lässt Kastanien auf dich herabregnen und verursacht so Schaden. | Ungefährlich, da nur wenig Schaden verursacht wird. |
| Bomben-Falle |  |
Verursacht Explosion von 5x5 Feldern. Zerstört Items und Wände. | Gefährlich, da der Schaden hoch ist. |
| Sleim-Falle |  |
Verwandelt ein Lebensmittel in Sleimkost* | Gefährlich, da Nahrung wichtig ist. |
| Wind-Falle |  |
Wirbelt dich weg, bis du auf ein Hindernis triffst. | Durchschnittlich, da du von der Gruppe getrennt werden kannst. |
| Matsch-Falle |  |
Senkt einen Statuswert. | Recht ungefährlich |
| Gruben-Falle |  |
Nur in Dungeons mit Untergeschossen (U1, U2 usw.), nicht mit Etagen (E1, E2 usw.).Lässt dich auf die nächste Ebene fallen, verursacht Schaden. Teammitglieder, die alleine darauf treten, gelten als besiegt. | Nützlich, wenn der Anführer darauf tritt, da der Schaden nur gering ist. Sehr gefährlich, wenn Teammitglieder sie auslösen. |
| Gift-Falle |  |
Vergiftet das Pokémon. | Durchschnittlich |
| Pokémon-Falle |  |
Items im Raum werden zu Pokémon. | Durchschnittlich. Hängt von der Itemmenge ab. |
| AP-Minus-Falle |  |
Eine Attacke verliert alle AP | Durchschnittlich |
| Warp-Falle |  |
Teleportiert dich an einen anderen Ort auf der Ebene. | Durchschnittlich, da du von der Gruppe getrennt werden kannst. |
| Sammel-Falle |  |
Lockt alle Pokémon auf der Ebene an. | Durchschnittlich. Hängt von der Pokémon Menge ab. |
| Klebe-Falle |  |
Macht ein Item unbrauchbar*. | Recht gefährlich, da es wichtige Items treffen kann. |
| Schwindel-Falle |  |
Verwirrt das Pokémon | Durchschnittlich |
| Stachel-Falle |  |
Das Pokémon erleidet Schaden. | Durchschnittlich |
| Traum-Falle |  |
Lässt das Pokémon einschlafen. | Durchschnittlich |
| Lahm-Fale |  |
Reduziert das Tempo für kurze Zeit. | Durchschnittlich |
| Spreng-Falle |  |
Explosion von 3x3 Feldern. Zerstört Items und Wände. | Recht gefährlich, da der Schaden hoch ist. |
| Siegel-Falle |  |
Blockiert eine Attacke bis zur nächsten Ebene. | Durchschnittlich |
*=Füllt den Magen um 30 auf, verursacht aber Statusveränderungen.
*=Kann mit Sterilorb behoben werden.
Mittel gegen Fallen
Natürlich bist du den Fallen, die überall im Dungeon auf dich warten, nicht schutzlos ausgeliefert. Es gibt viele Möglichkeiten, Fallen zu umgehen. Du solltest auch beachten, dass Teammitglieder keine versteckten Fallen auslösen. Welche Möglichkeiten dir gegen Fallen helfen, kannst in der folgenden Tabelle sehen.
| Methode | Art | Erklärung |
| Standardattacke | Angriff | Wenn du die Standardattacke mit A einsetzt und sich auf dem Feld vor dir eine Falle befindet, wird diese sichtbar, ohne ausgelöst zu werden. |
| Fallenseher | IQ-Fähigkeit | Verborgene Fallen werden nicht vom Pokémon ausgelöst. Gilt nicht für entdeckte Fallen! |
| Sichtsamen | Item | Das Pokémon sieht versteckte Fallen. Wirkt bis zur nächsten Ebene. |
| Spektralglas | Trage-Item | Das wohl beste Mittel gegen Fallen. Das Pokémon sieht versteckte Fallen. Keine Beschränkungen! |
| Sperrschal | Trage-Item | Das Pokémon löst nie Fallen aus. Dieses Item erzielt die größte Wirkung, wenn jedes Pokémon im Team ein Exemplar trägt. |
| Annullierorb | Orb | Alle Fallen im Raum werden zerstört. |
| Seherorb | Orb | Alle Fallen im Raum werden enttarnt und sind danach sichtbar. |