In Pokémon Mystery Dungeon sind die Dungeons wie Labyrinthe aufgebaut. Die einzelnen Gänge und Räume sind in den meisten Fällen durch Felswände voneinander getrennt. Doch manchmal wirkt auch unterschiedliches, wie Lava, als Begrenzung. Diese Begrenzungen stellen jedoch kein unüberwindbares Hindernis für dich dar. Du kannst verschiedenes Terrain und sogar Wände mit den richtigen Pokémon bezwingen oder zertrümmern. In der folgenden Tabelle kannst du ablesen, welche Typen von Terrain es gibt und wie du über sie hinweg gelangen kannst.
| Terrain | Pokémon, die es überqueren können | IQ-Fähigkeiten |
| Wasser | Wasser-, sowie Flug-Pokémon und die meisten Geister. | Terrainbezwinger, Supermobil |
| Lava | Feuer-Pokémon, Flug-Pokémon und die meisten Geister. Achtung: Nicht-Feuer-Pokémon erleiden den Brand-Status, wenn sie über Lava gehen. | Terrainbezwinger, Supermobil |
| Wolken | Flug-Pokémon und die meisten Geister. | Terrainbezwinger, Supermobil |
| Wände | Die meisten Geister. | Supermobil - Wenn ein Pokémon, welches über diese Fähigkeit verfügt, durch Wände geht, werden diese zertrümmert und auch andere Pokémon können im folgen. |
Der Anführer ist nicht in der Lage, für ihn ungeeignetes Terrain zu betrete, tritt ein Teampartner auf Terrain, weil er mit dem Anführer den Platz wechselt, wird der Partner zu einem zufälligen Ort auf der Ebenen teleportiert. Wände können zudem auch mit den Attacken Finale, Explosion und Zertrümmerer zerstört werden.