Pokémon Mystery Dungeon erscheint in zwei verschiedenen Versionen. Der Spielverlauf der beiden Editionen ist gleich. Der Unterschied besteht darin, dass Pokémon Mystery Dungeon – Team Blau
für den Nintendo DS und Pokémon Mystery Dungeon – Team Rot
für den Gameboy Advance konzipiert ist.
Die Unterschiede zwischen diesen beiden Editionen sind sehr gering. Der Spielverlauf ist wie gesagt der gleiche. In jeder der beiden Versionen gibt es sechs exklusive Pokémon. Auf der NDS Version wird der zweite Bildschirm ausgenutzt, indem der aktuelle Teamstatus angezeigt wird. In der GBA Version von Mystery Dungeon muss die Anzeige des Teamstatus über das Menü ausgewählt werden. Wer einen NDS besitzt, sollte also ausschließlich zur NDS Version greifen – die Preise für beide Versionen liegen bei 40 Euro.