Wie immer genießen die Japaner ein paar einzigartige Features. Unter anderem kann man mithilfe des eCard-Readers in Xeneorville gegen einen Trainer kämpfen, der in dem Haus mit dem durch Kisten verperrten Ausgang zu finden ist. Das Aussehen von Schildern ist außerdem leicht angepasst. Japan bekommt außerdem mehr Bonus-Tickets und besondere Pokémon
Spielverlauf und sonstige Features sind aber identisch. Man kann außerdem bedenkenlos zwischen den verschieden sprachigen Advance-Editionen tauschen.