Dass die Mega-Entwicklung im Spiel vertreten sein wird, wurde erstmals durch CoroCoro-Leaks am 12. Juni 2015 bekannt.
Trägt ein Pokémon einen Ringel, in den ein Erkenntnis-Sipal (bunte Farbe) eingesetzt ist, wird es in den Zustand Erkenntnis versetzt. Dadurch können verschiedene Effekte eintreten, zum Beispiel wird das Pokémon vor Frontalangriffen beschützt.
Pokémon die zur Mega-Entwicklung oder Protomorphose fähig sind, führen diese aus, sobald sie einen Ringel mit Sipal Erkenntnis tragen.
Neben einem extremen Statuswertschub erhalten mega-entwickelte Pokémon noch weitere Boni. Der normale Stoß-Angriff mit der A-Taste reicht nun zwei Felder weit und ist ausreichend um annähernd jeden Gegner zu besiegen. Außerdem können mega-entwickelte Pokémon mit diesem Stoß-Angriff Wände des Dungeons zerstören.
Die Erkenntnis-Mechanik beinhaltet jedoch auch einige negative Aspekte, nämlich den Berserker-Zustand. Diesen erreichen Pokémon im Erkenntnis-Zustand, sobald sich eine Leiste auf dem Touchscreen unter dem Namen des Pokémon rot gefüllt hat. Pokémon im Zustand Berserker haben noch immer die selbe Stärke, wie das Pokémon im Zustand Erkenntnis und auch die mega-entwickelten Pokémon. Du kannst sie jedoch nicht mehr kontrollieren und so zerstören sie wahllos Dungeon-Mauern oder greifen auch deine Team-Pokémon an, welche daduch höchstwahrscheinlich k.o. gehen.
| Mega-Pokémon im Spiel | |||
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Mega-Absol |  |
Mega-Aerodactyl |
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Mega-Ampharos |  |
Mega-Altaria |
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Mega-Banette |  |
Mega-Bibor |
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Mega-Bisaflor |  |
Mega-Brutalanda |
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Mega-Camerupt |  |
Mega-Despotar |
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Mega-Diancie |  |
Mega-Firnontor |
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Mega-Flunkifer |  |
Mega-Galagladi |
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Mega-Garados |  |
Mega-Gengar |
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Mega-Gewaldro |  |
Mega-Glurak X |
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Mega-Glurak Y |  |
Proto-Groudon |
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Mega-Guardevoir |  |
Mega-Hundemon |
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Mega-Kangama |  |
Mega-Knakrack |
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Proto-Kyogre |  |
Mega-Lahmus |
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Mega-Latias |  |
Mega-Latios |
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Mega-Lohgock |  |
Mega-Lucario |
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Mega-Meditalis |  |
Mega-Metagross |
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Mega-Mewtu X |  |
Mega-Mewtu Y |
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Mega-Ohrdoch |  |
Mega-Pinsir |
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Mega-Rayquaza |  |
Mega-Rexblisar |
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Mega-Scherox |  |
Mega-Schlapor |
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Mega-Simsala |  |
Mega-Skaraborn |
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Mega-Stahlos |  |
Mega-Stolloss |
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Mega-Sumpex |  |
Mega-Tauboss |
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Mega-Tohaido |  |
Mega-Turtok |
 |
Mega-Voltenso |  |
Mega-Zobiris |
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